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2 楼
这个问题问的很有水平，反过来说要想说得非常清楚、全面有难度。我根据我的认识说一些我的看法，抛砖引玉欢迎各位朋友积极补充。
对于Windows Mobile系统后面我有一篇文章会做比较详细的介绍。
这里简单说说：首先Windows CE是一个支持多种CPU（如ARM/MIPS/PowerPC/SH/X86）拥有极多功能的通用嵌入式操作系统。正因为如此Windows CE同我们日常使用的PC上的Windows系统有一个重大区别是：
允许开发者根据自己的需求对操作系统进行剪裁、定制并重新构建。
举个例子说：一个公司要做一款基于ARM的MP3播放系统。另一个公司要做基于MIPS的机顶盒系统。那么他们可以使用微软提供的Platform Builder软件定制、编译、构建出一个自己需要的子操作系统同时生成相应的SDK。这些SDK可以安装到EVC或者VS中，让开发人员使用。
对于第一家公司他的操作系统只支持ARM并且拥有音频播放功能。而第二家公司则更关心MIPS处理器和联网、视频解码等功能。两家公司最终都在使用Windows CE系统但是差距极大。
Platform Builder提供非常详细的选择，从CPU类型到网络协议支持再到音频视频格式支持甚至操作系统支持哪些字体均可以定制。所以CE的应用面极广:工业控制设备、通信设备、医疗设备等等都可以使用。由于可以支持裁减和定制所以最小的CE操作系统可以只有几百K。
Windows Mobile可以理解为Windows CE中一个特殊的子系统。她是直接由微软定制、增强的，她主要用于手机、PDA等移动智能设备。
WM基于CE系统所以核心部分和CE系统一致，但是为了支持移动智能设备增加了一些功能和软件：比如在手机上使用的Office办公软件、音频播放软件、同PC同步数据的软件等等。
WM和CE的一个重要区别是：WM只支持ARM平台。
WM和CE在安全方面的区别：
01、CE支持的CE种类多而WM少。这恐怕是必须考虑的一个问题。
02、CE在定制以后得到的系统千差万别，必须注意你针对的系统是否支持某些API功能。可以使用IsAPIReady函数查询。
03、使用WM系统的手机、PDA型号很多。截至2008年5月我查到的资料是各大厂商有300多个型号的产品使用WM系统。所以WM系统更多的暴露在攻击和破解者面前。
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3 楼
回答得很系统，非常感谢，长知识了！
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4 楼
您的问题问的很好，很多朋友包括我最初进入这个领域时都曾经遇到过。通过这个问题让我想起Platform Builder了，又写了一篇介绍PB的帖子。
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5 楼
非常欢迎您来支持本版的发展。
另外您对.NET平台应该有很深入的研究了。其实CE和WM对.NET平台的支持是很好的。
Pocket PC 2003开始就在系统中预装了.NET Compact Framework 1.0到了2008年发布的VS2008中已升级经到了3.5版本。.NET Compact Framework是桌面.NET Framework的精简版。.NET CF大约只有桌面平台的8%大小却实现了30%的功能。提供了很多同桌面平台同名的类和方法。
我曾经做过一些试验用MSIL编写了可以跨越桌面平台和WM平台的程序，可以成功。
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6 楼
.NET CF接触过一些，主要在应用层，安全方面也没有太深入。自已的手机上也安装了一些.NET CF的程序。跨平台也不错，如果PC上装了.NET CF的话，是可以运行相应的WM的程序。
目前好像混淆软件对.NET CF的支持比较好，因为元数据的结构没有变化、平台无关，但涉及到壳保护，跨平台就比较难了，好像还没有专门针对.NET CF的壳。
这个版开的好，很想在这个方面多交流。
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7 楼
前面我做的试验在PC上没有安装.NET CF，只有普通的.NET Framework可以跨平台运行。我是用MSIL汇编写的程序。后面发上来和您讨论一下。当时还总结了一下用MSIL跨平台编程的关键技术。当时主要是研究跨平台病毒。 
.NET加壳我也没见到过。我认为可能的原因是.NET平台底层的MSIL基于堆栈结构同基于寄存器结构的本地代码差距比较大，还有很多关键技术没有突破。我前面用MSIL汇编实现了代码的动态变化，后面也发上来讨论讨论。  。我在.NET平台研究时间很短，去年6月研究了数周时间，还有很多问题没有深入分析。以后还要请您多指教。
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8 楼
代码的动态变化，这个有意思。等待你曝料！
这方面我是新手，谈不上指教，交流罢了 :)
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9 楼
关于.NET代码动态变化的贴子发在这里了：
http://bbs.pediy.com/showthread.php?t=83675
我研究的时间有限，请您多指教。
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10 楼
[QUOTE=;]...[/QUOTE]
很深入，原来我理解的偏差较大，学习了。
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11 楼
软硬件可剪裁是所有嵌入式系统的特征吧
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12 楼
站队学习。。。应该整理一个ce或者wm的下载资源贴。。方便初学者查找。。
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13 楼
CE和WM的开发资源，主要在微软官方网站上。其他的学习资源还不多，这个版块开始逐步积累起一些资源了。如果安装了VS2008，把智能设备开发模块都安装上，做常用的开发没有问题了。最多再去下载一下WM SDK，安装好VS2008后再安装一下SDK就可以了。 
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14 楼
同一个内核，外在表现不同，像是各版的linux
以上仅是个人理解。
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15 楼
站队学习。。。。。
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16 楼
呵呵，不错，学习中，谢谢分享！
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17 楼
真是不错，这个版开的好
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18 楼
加百力
好棒，呵呵
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19 楼
简单的说，我认为wm比ce多了通讯模块的驱动和应用支持和另外一套应用层皮肤（今日插件）。两个系统的软件大部分不能通用
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