我的理解就是,theApp实质是进程,它的句柄也就是进程的句柄，其实是和CWnd实例(Instance)是一回事，建议你去了解下什么是实例(Instance)，其实就是类的对象，当我们创建一个类的对象是就是对这个类进行实例化.
窗口和进程是两码事，一个进程可以拥有多个窗口，窗口的句柄不能等同于进程的句柄，自然和theApp对象没有什么特别大的关系了

这个涉及“面向对象”思想。下面我谈谈自己的见解
我觉得你首先要弄明白，窗口与实例是两码事。。。窗口句柄 != 实例句柄。实例句柄标示一个进程，窗口句柄标示一个窗口。
其次，你要弄明白类的层次，下面演示一个例子：新建一个MFC工程，取名为Test。
找到 theApp的定义，可以发现：CTestApp theApp;
为了弄明白theApp到底是什么东东，我们就要看CTestApp 类到底定义了什么。
找到定义，可以发现：class CTestApp : public CWinApp
在这个定义下看不到什么有用的东西，然后我们看看CWinApp下定义了什么。
找到CWinApp的定义，可以发现这段代码(节选)：
class CWinApp : public CWinThread
{
        DECLARE_DYNAMIC(CWinApp)
public:

// Constructor
        CWinApp(LPCTSTR lpszAppName = NULL);     // app name defaults to EXE name

// Attributes
        // Startup args (do not change)
        HINSTANCE m_hInstance;
        HINSTANCE m_hPrevInstance;
        LPTSTR m_lpCmdLine;
        int m_nCmdShow;

......

你看，上面是不是封装了你要找的m_hInstance？也就是你说的“执行WinMain的时候 系统会传给它一个实例号句柄”？
theApp对象实际上就代表了整个程序，“主窗口句柄”之类的东西都只是它的一部分而已，只是继承层次比较深所以不容易发现而已。正如大脑只是人体的组成部分之一。

我觉得，首先MFC是基于Mvc框架的，所以得这么来看问题。在一个工程中，theApp就是工程的model，而对话框也就是窗口就是view。每个窗口都会有一个WinMian主函数，这个函数只是作为这个窗口的入口，仅仅是工程的一个视图而已。

这位同学也陷入怪圈了，认为窗口就代表了程序。。。一个进程只有一个入口。。。那就是main或WinMain，这个进程可以一个窗口也没有，也可以创建很多个窗口。。。窗口是没有入口函数的，而是进程调用API在屏幕上画出来的。。。

理解深刻.